Dans le presbytère se trouvent trois autres œuvres de cet artiste, au centre la Nativité et sur les côtés deux petits tableaux représentant Saint Rocco et Saint Thomas. Au-dessus se trouve l'Annonciation, attribuée au peintre messin Antonio Giuffrè, ainsi que, sur le côté opposé, Saint-Nicolas trônant et des récits de sa vie (1485). Dans le toit à caissons polychrome et décoré se trouvent deux fresques représentant des épisodes de la vie de saint Étienne Protomartyr. Les huit médaillons des deux murs de la nef représentent saint Étienne, saint François de Paule, les martyrs de Milazzesi, le pape saint Léon II, saint Gaëtan. Gaetano, Saint Antoine de Padoue, la Bienheureuse Hannibal Marie de France et Sainte Eustochie Smeralda Calafato. La sacristie est meublée avec des meubles du XVIIIe siècle, tandis que le clocher comporte cinq cloches, dont quatre proviennent de l'ancienne cathédrale.
Le Trésor comprend un ostensoir en argent doré du XVIe siècle, probablement offert par un prélat anglais à l'époque d'Henri VIII Tudor, le reliquaire du bras de saint Étienne en argent et en argent doré de 1688, un autre reliquaire en argent avec le bois de la Sainte-Croix, deux couronnes en argent repoussé du XVIIe siècle et le rayon d'argent qui orne la tête de saint Étienne lors de la solennité.
Dans la petite église de Santa Maria del Boschetto (contrada Parco), on a trouvé, il y a plus de cinq siècles, une boîte en plomb dans laquelle se trouvaient une relique et un ancien parchemin écrit en caractères indéchiffrables.
En 1481, comme le raconte le père Francesco Perdichizzi, capucin, dans son "Milazzo sacro" (1696) et dans la transcription que l'ingénieur Domenico Ryolo a faite de la copie établie au XIXe siècle par Giuseppe Piaggia, "des prêtres chaldéens passèrent par Milazzo et, en lisant l'écriture, ils trouvèrent qu'il s'agissait de leur propre langue et rapportèrent que, parmi ces reliques, se trouvait le bras de saint Étienne Protomartyr".
"Les habitants de Milazzo n'accordèrent pas toute leur confiance à ces prêtres, mais, ayant recours à l'archevêque, celui-ci se chargea de faire en sorte que l'écriture soit à nouveau reconnue.
La traduction des prêtres chaldéens fut finalement reconnue avant 1521 et, dès lors, la relique fut placée dans l'église majeure et le saint Protomartyr commença à être célébré avec une dévotion particulière.
