Il a été construit par le saint lui-même sur le site d'une ancienne église dédiée à Saint Blaise de Sébaste, lors de son séjour à Milazzo à partir du mois de janvier 1465. A l’origine il était dédié à Jésus et Marie. Son aspect actuel est dû à des travaux de rénovation réalisés au cours des siècles suivants, notamment suite au siège de 1718.
La façade, en pierre rose de Syracuse, est de style baroque et deux colonnes à chapiteaux corinthiens soutiennent le balcon en fer forgé. Au-dessus on peut lire "Charitas" dans un cercle rayonnant, le blason de l’ordre des Minimes fondé par le saint. Sur les côtés il y a des fenêtres avec de riches décorations rococo. Elle a été radicalement transformée au XVIIIe siècle avec un grand escalier où se trouve la statue de S. François de Paule, réalisée en 1760. Dans le passé le couvent, contigu au sanctuaire, a été en partie utilisé comme école et en partie, encore aujourd'hui, comme siège des Carabiniers. L'entrée côté nord (vers le château) date du XVIIe s. avec des décorations du XVIIIe s.; l’entrée côté est, donne accès au cloître qui est de la même époque que l'église.
A l’intérieur, sur le premier autel à gauche est placé un retable au cadre chantourné du XVIIIe s. représentant S. François Xavier avec la Vierge, Saint Onuphre l'Anachorète et Saint Jean Népomucène. Le deuxième autel est dédié à Jésus et Marie. Il est décoré de bois sculpté et doré et de miroirs. Dans une niche se trouve la statue en albâtre de la Vierge à l'Enfant. Le long du mur se trouvent six tableaux représentant des épisodes de la vie de Saint François, encadrés par des moulures en marbre.
Le maître-autel, commandité en 1751 par le baron Paolo Lucifero, dont les armoiries se trouvent aux deux extrémités de l'autel, est orné de deux sculptures allégoriques en marbre : la Foi et l’Espérance. La niche supérieure, qui contient l'effigie de Saint François, fut réalisée en 1916 par Gaetano Recupero et remplace le tableau du saint, détruit dans l'incendie du 10 mai 1908, au cours duquel d'autres œuvres ont également été perdues. Les quatorze stalles en noyer qui entourent le maître-autel datent de 1759-60. Dans la tribune du chœur, réalisée en 1760, se trouve l'orgue et au plafond la célèbre poutre liée à un miracle du saint.
La sacristie abrite un beau meuble baroque en noyer réalisé en 1693, un lavabo en marbre polychrome de belle facture et un crucifix en bois du XVIIe siècle. Dans le trésor liturgique on peut admirer un reliquaire de 1772 avec la Berrettella du saint offert en 1518 par le père français François Cerdonis, cinquième général des Minimes ; un reliquaire avec un fragment de la cape de saint François (XVIIIe siècle); des calices, un ostensoir et un encensoir du même style; cinq devant-d’hôtel brodés de fils d’or ; des chasubles des XVIIe et XVIIIe siècles et deux crucifix en bois. Sur les bas-côtés se trouvent de nombreux monuments funéraires et dans la crypte un autel en stuc où reposent père François Cerdonis (1518), mentionné plus haut, et Angela Leonte (1559), une tertiaire décédée en réputation de sainteté. Il ne faut pas oublier le couvent qui a accueilli d'éminentes personnalités dont le vice-roi Ettore Pignatelli (début des années vingt du XVIe s.), le prince Emmanuel-Philibert de Savoie, le vice-roi Philippe II d'Espagne (1622) et, en 1678, Ludovico Fernandez Portocarrero, cardinal de Tolède. Dans les années trente du siècle dernier, dans l'une des salles du rez-de-chaussée du couvent, une importante mosaïque de la période hellénistique (IIe siècle av. J.-C.) a été trouvée, ce qui prouve l'existence dans cette partie de la ville d'un bâtiment public ou d'une villa patricienne d'une certaine importance.
Sanctuaire de Saint François de Paule Salita San Francesco 34, Milazzo (ME)
