L' ancienne cathédrale a été construite à partir de 1608, en remplacement de l'ancienne église Sainte-Marie, sur l'esplanade où se trouvaient quatre églises et trois bâtiments civils. La cathédrale a été achevée dans la seconde moitié du XVIIe siècle. Au cours du XVIIIe siècle, d'autres travaux ont été réalisés, comme la nouvelle sacristie (achevée en 1704). Initialement dédiée à Sainte Marie de l'Assomption, la cathédrale a été dédiée en 1678 à Saint Étienne, le saint patron de Milazzo.
